W roku szkolnym 1998/99 w budynku SP 62 im. Aleksandra Omieczyńskiego działającym od 01.09.1966 r. powstał Zespół Szkół Ogólnokształcących Mistrzostwa Sportowego. W skład tej placówki od 1999 roku wchodziły: rejonowa SP nr 62, rejonowe Gimnazjum nr 19, Liceum Ogólnokształcące Mistrzostwa Sportowego.  Po blisko dziesięciu latach działalności  szkoły  – na  podstawie  Uchwały Rady  Miasta nr XXII/605/08   z 16  czerwca  2008 roku- 1 września 2008 roku rozpoczęło działalność Centrum Kształcenia Sportowego. Przez siedem lat w szkole w lewobrzeżnej części Szczecina przy ul. Mazurskiej 40 oraz na stronie prawobrzeżnej przy ul. Rydla 49 krzewiono kulturę fizyczną i zdrowy tryb życia, kształtowano holistyczny rozwój uczniów uzdolnionych, wychowywano i edukowano przyszłych mistrzów sportu. Uczniowie CKS, w myśl hasła: „Sport  to  pasja,  nauka  to wolność”, zdobywali nagrody
i wyróżnienia w konkursach przedmiotowych oraz medale i puchary w różnych dyscyplinach sportowych: koszykówka, kolarstwo, boks, piłka ręczna dziewcząt i chłopców, piłka nożna, pływanie i ratownictwo wodne, wioślarstwo, żeglarstwo, kajakarstwo. Gdy w prawobrzeżnej części   miasta   pojawiła  się potrzeba utworzenia  oddziałów  sportowych dla  uczniów  szkół  podstawowych,  okazało  się,  że jedyną,  zgodną
z obowiązującym prawem możliwością, dzięki której utworzone zostaną nowe oddziały sportowe szkoły podstawowej przy ul. Rydla 49,  jest rozdzielenie Centrum Kształcenia Sportowego z wyłączeniem szkół zlokalizowanych przy ul. Mazurskiej 40 i utworzeniem na ich bazie nowej jednostki organizacyjnej.

Na podstawie Uchwały Rady Miasta nr V/46/15 z 17 lutego 2015 roku 1 września roku szkolnego 2015/2016 przy ul. Mazurskiej 40 w Szczecinie rozpocznie działalność Centrum Mistrzostwa Sportowego.

Największym osiągnięciem szkoły przy ul. Mazurskiej 40 jest  umiejętność  organizowania  harmonijnego  rozwoju  dzieci  i młodzieży  w  zakresie  dydaktyki i sprawności fizycznej. Uczniowie tej placówki są medalistami mistrzostw świata, Europy, kraju, członkami kadry narodowej Polski i kadry województwa zachodniopomorskiego w różnych dyscyplinach sportu. Naszymi absolwentami są m.in.: Konrad Wasielewski, Mateusz Sawrymowicz, Przemysław Stańczyk, Katarzyna Baranowska, Filip Zaborowski, Marcin Kaczmarski, Halina Ptak, Karol Ostrowski, Roksana Ratajczyk, Sebastian Walukiewicz, Kacper Smoliński, Sebastian Kowalczyk, Kacper Kozłowski.